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Proyecto Genoma SARS CoV-2 Ecuador universidad san francisco de quito

El proyecto Genoma SARS CoV-2 tiene como objetivo investigar el genoma del virus SARS CoV-2 que circula en el Ecuador. Esta es una iniciativa de investigadores del Instituto de Microbiología, Facultad de Ciencias de la Salud y el Centro de Bioinformática de la Universidad San Francisco de Quito a la que se le han unido investigadores de la Universidad de Oxford y a médicos de diversos hospitales del país.

El proyecto pretende secuenciar el genoma del virus a partir de pacientes en todo el Ecuador, información que puede ser utilizada con múltiples propósitos. Se puede predecir la relación de parentesco con cepas del mismo virus que circulan en otros países, también es de gran utilidad para describir la epidemiología local del virus, pues provee información que permite tener un panorama claro de la movilización del patógeno entre las personas. La comparación entre múltiples secuencias genómicas del patógeno obtenidas a partir de pacientes que provienen de diferentes lugares también permite determinar si hay diferentes variantes o “cepas” del patógeno con diferente nivel de virulencia.

Para realizar el secuenciamiento del genoma utilizamos la plataforma MinION de Oxford Nanopore Technologies usando protocolos adaptados del consorcio ARTIC Network.

Secuenciamos el primer caso reportado de COVID-19 en Quito y hasta el momento hemos secuenciado con éxito el genoma de SARS CoV 2 de 4 pacientes. Estos genomas se encuentra disponibles al público y se puede observar su trayectoria en la página web de Nextstrain (https://nextstrain.org/ ).

Con el siguiente enlace se puede acceder al reporte realizado por el equipo al COE Nacional-ECUADOR en Abril 2020

EQUIPO DE TRABAJO

EQUIPO HOSPITAL EUGENIO ESPEJO

Dr. Manuel Jibaja, Dr. Milton Tobar

EQUIPO HOSPITAL IESS BABAHOYO

Dr. Kyllen Briones

Hospital Pablo Arturo Suárez

Dr. Jorge Vélez

Hospital IESS del Sur

Dra. Ana Veintimilla, Dr. Juan Gaviria, Dr. Alejandra Ramones, Dr. Franklin Espinoza, Dr. Edison Ligña, Dr. Jorge Reyes

Hospital IESS Carlos Andrade Marín

Dr. Cristian Cevallos

EQUIPO USFQ

Credits:

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