Puzzle 1- De eerste puzzel van Samorost is ook gelijk de makkelijkste. Om door te gaan moet de speler op de kleine toren klikken.

Puzzle-2 deze puzzel is de eerste met meerderen stappen. De kleur volgorde in elke stap is eerst Rood, Blauw en dan Groen. De eerste rode stap brengt de loshangende elektriciteitskabel terug op zijn plaats zodat de knop weer gebruikt kan worden. Dan klikt de speler op de Hookah die vervolgens leegraakt. Als de speler vervolgens op het blaasstuk van de Hookah klikt wodt deze op de grond gegooid.

De volgende 5 stappen maken de puzzel af. Als eerste klikt de speler op het blaasstuk van de Hookah. Deze wordt gebruikt als...sleutel voor de box. Daarna klikt de speler op de knop om de character de laten verschijnen aan de top van de heuvel. Om de character de goeie kant op te laten gaan klikt de speler op de pijl x2. Vervolgens klikt de speler op de NPC aan de foet van de heuvel om hem uit de weg te halen voordat hij terug komt naar zijn plaats. In deze time-span moet de speler klikken op de character om hem veilig de heuvel af te laten glijden.

Puzzle 3- De volgende puzzel heeft 3 stappen. Als eerste klikt de speler op de vishaak in het water aan de linkerkant van het scherm. Dit activeert de visser die een vis uit het water haalt. Terwijl dit gebeurt klikt de speler op hagedissen die de rots beklimmen om ze weg te halen, Na een lange animatie vangt een "vogel" de visgraat op als er op hem geklikt wordt. Hiermee kan de character ontsnappen naar de volgende puzzel.

Puzzel 4- voor deze puzzel klikt de speler meerderen keren op het wiel aan de rechterkant om de boom te bewegen. Wanneer deze niet meer beweegt klikt de speler op het gat aan de linkerkant om er een wortel uit te laten schieten.

De volgende stappen maken de puzzel af. Als eerste klikt de speler op het bovenste gat aan de linkerkant. Nadat er bijen uit zijn gekomen klikt de speler opnieuw op het gat. Na een animatie klikt de speler op de knop in het midden van de boom om het licht aan te doen. Nadat de capsule is verschenen klikt de speler er twee keer op om hem open te maken en om de character erin te klimmen.

Puzzel 5- Bij deze puzzel zitten er meerderen wormen in de boom die verwijdert moeten worden. Eerst klikt de speler op het linkerste gat in de boom om de vogel wakker te maken. Hierna klikt de speler op alle wormen zodat de vogel ze eruit kan halen.

Bij de laatste stappen van deze puzzel klikt de speler op het gat in de middelste boom. Hiermee verschijnt de eekhoorn. Klik vervolgens op de knop van de platendraaier om muziek te spelen. Om een nieuwe plaat te kiezen klikt de speler op een van de platen in het rek. Doe dit tot dat er muziek gespeeld wordt waardoor de uil zijn ogen open doet. Klik vervolgens meerderen keren op de uil op in een animatie de capsule weer naar beneden te laten vallen.

Puzzel 6- In deze puzzel klikt de speler eerst op de capsule om de character vrij te maken. Vervolgens klikt de speler op plaat links van de miereneter. Hierdoor komen er nu insecten op de mieren eter af.

In de laatste stap klikt de speler op de trappen onderaan de miereneter. Dit werkt alleen als de mieren eter in de "eet"-animatie zit. Vervolgens klikt de speler op de box bij de deur bovenaan.

Als laatste klikt de speler op de box bij de deur. Hierdoor verschijnt er een code paneel. Om de deur open te krijgen klikt de speler op de knopen in het patroon die op de deur wordt aangegeven.

Puzzel 7- In deze puzzel moet eerst het licht aangezet worden. Dit gebeurt als de speler op het blikkende lichtje in de hoek klikt.

In de volgende stappen moet de speler op de linker + knop drukken totdat de wijzer onder aan op 50 staat. Als dit gebeurt klikt de speler om de witte knop tussen de + en - knoppen. Hierdoor verschijnt er een ladder.

Als de ladder verschenen is kan de speler op het draaiwiel erboven klikken op de character te laten klimmen en het open te draaien.

Na deze stap te hebben uitgevoerd begint de eindanimatie van Samorost en is de game uitgespeeld.